ここでは python の venv という環境分離ツールを使ってインストールします. homcloudをインストールする環境を分離することでバージョンの使い分けなどが 簡単になります.
apt-getで各パッケージの追加は以下のように行います。
sudo apt-get install libcgal-dev libpython3-dev openmpi-bin libopenmpi-dev cmake paraview jupyter
新しい Ubuntu (20.04など) では python3-paraview もインストールする必要があります.
sudo apt-get install python3-paraview
まず作業用のディレクトリを作ります.ここではhomcloud
という名前にしましょう.
mkdir homcloud
cd homcloud
次のようにして venv の設定を作ります.
python3 -m venv venv
以下のようにして venv の環境に入ります.
source ./venv/bin/activate
以下のようにタイプしてインストールします.
pip3 install Cython numpy wheel plotly
GUIを使いたい場合は PyQt5 もインストールする必要があります.
pip3 install pyqt5
次のようなエラーが出た場合は pip3 install PyQt5==5.14
としてください.これは
PyQtの特定のバージョンでの問題です.
Collecting pyqt5
Installing build dependencies ... done
Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python3.7/tokenize.py", line 447, in open
buffer = _builtin_open(filename, 'rb')
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/pip-install-bvg6_fyh/pyqt5/setup.py'
----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-bvg6_fyh/pyqt5/
以下を実行します。
pip3 install homcloud
古いバージョンのHomCloud (2.9.0など) をインストールする場合には代わりに次のようにします.
pip3 install homcloud==2.9.0
後に正常にインストールされているかどうかを調べるためにターミナルで以下のように 実行します.
python3 -m homcloud.self_check --no-dipha
2回,Paraviewのウィンドウが開かれます. 最初に開かれたときは,"Apply"ボタンを押して何か表示されてからウィンドウを 閉じてください. 2回目に開かれたときは,赤と白の点が表示されていることを確認してからウィンドウを 閉じてください.
最終的にコマンドプロンプトに以下のように表示されていたらOKです./usr/bin/paraview
は異なる表示になっていると思いますが,okが以下のように表示されていれば問題ありません.
Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok
Paraview path: /usr/bin/paraview
Paraview fake invoke ... ok
Paraview real invoke (VTK voxel) => Click "Apply" button and close opened window ... ok
Paraview real invoke (python pointcloud) => Close opened window ... ok
以上でインストールは終わりです。
Veitoris-Rips 複体(距離行列)や高次元(4次元以上)のボクセルデータの解析のために dipha をインストールします。 もしこれらを使わない場合はここは飛ばしてよいです。
インストール終了後,以下のようにしてHomCloudが正常に動くかチェックします。
python3 -m homcloud.self_check