ここでは python の venv という仮想環境ツールを使ってインストールします． homcloudをインストールする環境を分離することでバージョンの使い分けなどが簡単になります．
apt-getで各パッケージの追加は以下のように行います。
sudo apt-get install libcgal-dev libpython3-dev
まず作業用のディレクトリを作ります．ここではhomcloudという名前にしましょう．
mkdir homcloud
cd homcloud
次のようにして venv の設定を作ります．
python3 -m venv venv
作業用のディレクトリで以下のようにして venv の環境に入ります．
source ./venv/bin/activate
これはシェルを起動するごとに必要です．
以下のようにタイプしてインストールします．
pip install Cython numpy wheel jupyter pyqt6 "pyvista[all,trame]" pyvistaqt
以下を実行します。
pip install homcloud
古いバージョンのHomCloud (3.6.0など) をインストールする場合には代わりに次のようにします．
pip install homcloud==3.6.0
最後に正常にインストールされているかどうかを調べるためにターミナルで以下のように 実行します．
python -m homcloud.self_check --pyvista
以下のような画像が表示されたウィンドウが開かれます． 開かれたウィンドウは閉じてください．
最終的にコマンドプロンプトに以下のように表示されていたらOKです(バージョンの値は違っていてかまいません)．
HomCloud version: 4.0.0
Python version: 3.10.6 (main, Mar 10 2023, 10:55:28) [GCC 11.3.0]
Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Periodic Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok
Optimal Volume ... ok
PyVista 3D drawing (close the pop-up window)... ok
以上でインストールは終わりです。
HomCloudのチュートリアルを動かしてみましょう． python-tutorial.zip からダウンロードしてhomcloudフォルダに展開してください。 その後，venvの仮想環境に入って
jupyter notebook
とするとブラウザがポップアップし，jupyter notebookが起動します． ここでチュートリアルのフォルダからチュートリアルを始めてください． いくつかチュートリアルがありますが，pointcloudが一番やりやすいでしょう．
Veitoris-Rips 複体(距離行列)や高次元(4次元以上)のボクセルデータの解析のために dipha をインストールします。 もしこれらを使わない場合はここは飛ばしてよいです。
apt-get、pipによるインストールと同じようにしてインストールできるので，そちらを見てください．