UbuntuやDebianでのインストール(venv使用)

ここでは python の venv という環境分離ツールを使ってインストールします． homcloudをインストールする環境を分離することでバージョンの使い分けなどが 簡単になります．

1. 以下のパッケージをapt-getでインストールします。

• libcgal-dev
• libpython3-dev
• opnempi-bin
• libopenmpi-dev
• cmake
• paraview
• jupyter

apt-getで各パッケージの追加は以下のように行います。

sudo apt-get install libcgal-dev libpython3-dev openmpi-bin libopenmpi-dev cmake paraview jupyter

新しい Ubuntu (20.04など) では python3-paraview もインストールする必要があります．

sudo apt-get install python3-paraview

2. venvで環境を新しく作る

まず作業用のディレクトリを作ります．ここではhomcloudという名前にしましょう．

mkdir homcloud
cd homcloud

次のようにして venv の設定を作ります．

python3 -m venv venv

以下のようにして venv の環境に入ります．

source ./venv/bin/activate

3. pipを使ってCython，numpy，wheel，plotlyを追加します。

以下のようにタイプしてインストールします．

pip3 install Cython numpy wheel plotly

GUIを使いたい場合は PyQt5 もインストールする必要があります．

pip3 install pyqt5

次のようなエラーが出た場合は pip3 install PyQt5==5.14 としてください．これは PyQtの特定のバージョンでの問題です．

Collecting pyqt5
  Installing build dependencies ... done
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/usr/lib/python3.7/tokenize.py", line 447, in open
        buffer = _builtin_open(filename, 'rb')
    FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/pip-install-bvg6_fyh/pyqt5/setup.py'

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-bvg6_fyh/pyqt5/

4. 最新版のhomcloudをインストールします。

以下を実行します。

pip3 install homcloud

古いバージョンをインストールする場合

古いバージョンのHomCloud (2.9.0など) をインストールする場合には代わりに次のようにします．

pip3 install homcloud==2.9.0

5. HomCloudの自己チェックプログラムを動かす

後に正常にインストールされているかどうかを調べるためにターミナルで以下のように 実行します．

python3 -m homcloud.self_check --no-dipha

2回，Paraviewのウィンドウが開かれます． 最初に開かれたときは，"Apply"ボタンを押して何か表示されてからウィンドウを 閉じてください． 2回目に開かれたときは，赤と白の点が表示されていることを確認してからウィンドウを 閉じてください．

最終的にコマンドプロンプトに以下のように表示されていたらOKです．/usr/bin/paraview は異なる表示になっていると思いますが，okが以下のように表示されていれば問題ありません．

Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok
Paraview path: /usr/bin/paraview
Paraview fake invoke ... ok
Paraview real invoke (VTK voxel) => Click "Apply" button and close opened window ... ok
Paraview real invoke (python pointcloud) => Close opened window ... ok

以上でインストールは終わりです。

6. (Optional) http://github.com/DIPHA/diphaからdiphaをダウンロードし、インストールします。

Veitoris-Rips 複体(距離行列)や高次元(4次元以上)のボクセルデータの解析のために dipha をインストールします。 もしこれらを使わない場合はここは飛ばしてよいです。

1. https://github.com/DIPHA/dipha/archive/dipha-2.1.0.zip からダウンロードしてください。
2. ダウンロードしたファイルを解凍してください。
3. 解凍時に作られたディレクトリに移動してください。
4. "cmake ."とタイプし、makefileを作成します。
5. "make"とタイプし、ビルドします。
6. ビルドされたdiphaの実行ファイルをパスの通ったディレクトリへコピーしてください

インストール終了後，以下のようにしてHomCloudが正常に動くかチェックします。

python3 -m homcloud.self_check