apt-getで各パッケージの追加は以下のように行います。
sudo apt-get install libcgal-dev libpython3-dev python3-matplotlib python3-numpy python3-scipy python3-pip python3-pyqt5 python3-msgpack python3-pulp python3-sklearn openmpi-bin libopenmpi-dev cmake paraview jupyter
新しい Ubuntu (20.04など) では python3-paraview もインストールする必要があります.
sudo apt-get install python3-paraview
以下のようにタイプしてインストールします.
pip3 install --user forwardable imageio Cython cached-property plotly
pip3 install --user ripser
または使用している python
からモジュールとして
python3.9 -m pip install --user forwardable imageio Cython wheel plotly
python3.9 -m pip install --user ripser
とタイプししてください。pip
でインストールされるパッケージは python
の各バージョン毎にインストールされている必要があります。python
のアップデートなどがあった場合に必要なパッケージがそのバージョン用にインストールされているか、注意してください。
以下を実行します。
pip3 install --user --no-deps homcloud
もしグローバルにインストールしたくない場合はvenvなどを使ってください。
古いバージョンのHomCloud (2.9.0など) をインストールする場合には代わりに次のようにします.
pip3 install --user --no-deps homcloud==2.9.0
最後に正常にインストールされているかどうかを調べるためにターミナルで以下のように 実行します.
python3 -m homcloud.self_check --no-dipha
2回,Paraviewのウィンドウが開かれます. 最初に開かれたときは,"Apply"ボタンを押して何か表示されてからウィンドウを 閉じてください. 2回目に開かれたときは,赤と白の点が表示されていることを確認してからウィンドウを 閉じてください.
最終的にコマンドプロンプトに以下のように表示されていたらOKです./usr/bin/paraview
は異なる表示になっていると思いますが,okが以下のように表示されていれば問題ありません.
Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok
Paraview path: /usr/bin/paraview
Paraview fake invoke ... ok
Paraview real invoke (VTK voxel) => Click "Apply" button and close opened window ... ok
Paraview real invoke (python pointcloud) => Close opened window ... ok
以上でインストールは終わりです。
Veitoris-Rips 複体(距離行列)や高次元(4次元以上)のボクセルデータの解析のために dipha をインストールします。 もしこれらを使わない場合はここは飛ばしてよいです。
インストール終了後,以下のようにしてHomCloudが正常に動くかチェックします。
python3 -m homcloud.self_check