Mac へのインストール

ここではMac用のソフトウェア管理ができる、 homebrew を用いたインストールを紹介します。

1. まず以下の３つをインストールします。

• Xcode
• Xcode commandline tools (Xcodeに付属)
• homebrew

Xcode からインストールします。Xcode は App Store からインストールできます。 Xcode 6.1以降では、インストールする際、 Xcode commandline tools も 同時にインストールされますが、もし手動でインストールする場合は finder で

/Applications/Utilities/Terminal.app (または ターミナル.app )

にあるターミナルを起動し、以下のコマンドを入力してインストールします。 以下、コマンドを入力するという説明はこのターミナルに指定の文字列を1行ずつ入力 してエンターボタンを押して実行するという意味になります。 コマンド名+オプション という形をしていることが多いですが、フォントによっては半角スペースが見辛いこともありますので注意してください。

xcode-select --install

Xcode をインストールした後、引き続き以下のコマンドを入力すれば、ruby によって homebrew もインストールされます。

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

途中、管理者のパスワードを聞かれた場合は適宜入力してください。

2. homebrew で以下のパッケージをインストールします。

• cgal
• python3
• cmake
• open-mpi
• qt

homebrew を使うことで、様々なパッケージをターミナルからコマンド入力するだけで、依存関係を考慮したり、必要なパッケージ類をまとめてインストールことができます。 例えば、ターミナルで以下のコマンドを実行すれば、インストールされます。

brew install cgal python3 cmake open-mpi qt

3. Paraviewをインストールします

Paraviewもインストールします． https://www.paraview.org/download/から適当なパッケージを探してインストールしてください．

4. 続いてpip3で以下のパッケージをインストールします。

手順2で Python がインストールされると pythonのパッケージ管理システム である、pip が使えるようになります。必要な以下の Python パッケージは pip を使ってインストールします。

• numpy
• scipy
• matplotlib
• PyQt5
• scikit-leran
• msgpack-python
• Pillow
• PuLP
• forwardable
• Cython
• ripser
• jupyter

ターミナルで以下のコマンドを入力すればインストールできます。

pip3 install numpy scipy matplotlib PyQt5 scikit-learn msgpack-python Pillow forwardable Cython jupyter
pip3 install ripser

5. 最新版のhomcloud をインストールします。

pip3 install homcloud

以上で、MacOS への homcloud のインストールは完了です。

6. Paraviewの設定をする

Paraview は例えば /Applications/ParaView-5.4.0.app といった名前でインストールされます。 これを HomCloud に教えてやる必要があります。 環境変数 HOMCLOUD_PARAVIEW_PROGRAMNAME を設定します。

まずはターミナル上で echo $SHELL とすることで使っているシェルを確認します．

bash の場合 (/bin/bashと表示された)

以下のような行を ~/.bash_profile に追加します。

export HOMCLOUD_PARAVIEW_PROGRAMNAME=/Applications/ParaView-5.4.0.app

設定を反映させるためにシェルを再起動します．(exec $SHELL -l)

zsh の場合 (/bin/zsh と表示された)

以下のような行を ~/.zshenv に追加します。

export HOMCLOUD_PARAVIEW_PROGRAMNAME=/Applications/ParaView-5.4.0.app

設定を反映させるためにシェルを再起動します．(exec $SHELL -l)

それ以外の場合

それ以外を使っている人は自分でなんとかしてください．

7. HomCloudの自己チェックプログラムを動かす

最後に正常にインストールされているかどうかを調べるためにターミナルで以下のように 実行します．

python3 -m homcloud.self_check --no-dipha

2回，Paraviewのウィンドウが開かれます． 最初に開かれたときは，"Apply"ボタンを押して何か表示されてからウィンドウを 閉じてください． 2回目に開かれたときは，赤と白の点が表示されていることを確認してからウィンドウを 閉じてください．

最終的にターミナルに以下のように表示されていたらOKです．/usr/bin/paraview は異なる表示になっていると思いますが，okが以下のように表示されていれば問題ありません．

Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Plotting PD ... ok
Paraview path: /usr/bin/paraview
Paraview fake invoke ... ok
Paraview real invoke (VTK voxel) => Click "Apply" button and close opened window ... ok
Paraview real invoke (python pointcloud) => Close opened window ... ok

以上でインストールは終わりです。

8. dipha をダウンロードしてインストールします (任意)

一部の計算を高速化するために dipah というプログラムをインストールすることができます (しなくとも大半のことはできます)．

https://github.com/DIPHA/dipha/archive/dipha-2.1.0.zip からzipファイルを ダウンロードしてきてインストールします．

unzip dipha-dipha-2.1.0.zip
cd dipha-dipha-2.1.0
cmake . 
make

すでに PATH の通っているディレクトリに dipha をコピーします。

cp diphaのある場所/dipha PATHの通っているディレクトリ
例) cp ~/dipha/dipha /usr/local/bin/

PATH の通っているディレクトリがどこかは

echo $PATH

というコマンドで確認することができます。