Linux & conda でのインストール

conda でのインストールはそんなにお勧めはしません．ただし，

• CentOS などを使っていて Ubuntu や Debian での説明からインストールをするのは難しい
• 共用の大型計算機を使っていてOSにパッケージをインストールするのが困難

などの場合には conda (ここでは miniconda を使います) を使うという選択肢もあります．

1. miniconda のインストール

miniconda をインストールしてください． miniconda3 64bit版 4.7.12 で動作確認しています．Linux 64bit版であれば最新版を使えばOKなはずです．

32bit版は対応していません．

2. miniconda の設定

homcloudという名前の環境を 作ってそこで動かすことにしましょう． ターミナル上で以下のように入力してください．

conda create -n homcloud python=3.7
conda activate homcloud

3. 必要なパッケージをインストールします

conda-forge を使います． 以下のようにして conda のパッケージをインストールします．

conda install -c conda-forge openmpi cgal paraview ripser msgpack-python pulp imageio pyqt

4. homcloud をインストールします．

以下のようにしてインストールします．

conda install -c conda-forge -c https://homcloud.dev/conda-channel/ dipha homcloud

5. HomCloudの自己チェックプログラムを動かす

最後に正常にインストールされているかどうかを調べるための自己チェックプログラムを 動かします．

5.1 GUI が使える場合

ターミナルで以下のように実行します．

python3 -m homcloud.self_check

2回，Paraviewのウィンドウが開かれます． 最初に開かれたときは，"Apply"ボタンを押して何か表示されてからウィンドウを 閉じてください． 2回目に開かれたときは，赤と白の点が表示されていることを確認してからウィンドウを 閉じてください．

最終的にターミナルに以下のように表示されていたらOKです．

Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok
Paraview path: /usr/bin/paraview
Paraview fake invoke ... ok
Paraview real invoke (VTK voxel) => Click "Apply" button and close opened window ... ok
Paraview real invoke (python pointcloud) => Close opened window ... ok

5.2 GUI が使えない場合

共用の大型計算機で GUI が使えない (ssh でログインしている場合など) は ターミナルで以下のように実行します．

python3 -m homcloud.self_check --no-paraview

最終的にターミナルに以下のように表示されていたらOKです．

Alpha Shape 3 ... ok
Alpha Shape 3 with weights ... ok
Alpha Shape 2 ... ok
Grayscale 2D bitmap ... ok
Binary 2D bitmap ... ok
Binary 2D periodic bitmap ... ok
Rips filtration ... ok
Plotting PD ... ok

うまくいかない場合はトラブルシューティングのページも参考にしてください．